Керування всім комплексом “Нептун”, тобто пусковими установками, транспортними та транспортно-заряджаючими машинами, здійснюється з рухомого командного пункту РКП-360. Тобто один командний пункт керує одночасно 18 іншими машинами, які забезпечують знищення цілей, перезаряджання та транспортування додаткових крилатих ракет.
У комплексі “Нептун” знаходиться одразу 6 пускових установок, які забезпечують можливість залпу одразу 24 крилатих ракет по різним цілям з інтервалом пусків у залпі від 3 до 5 сек.
Екіпаж пускової установки відповідає за вихід на задану позицію, розгортання на ній та контроль роботи всіх систем ракети Р-360. На робочих моніторах комплексу оператор відслідковує роботу численних систем ракет, починаючи від запису бойового завдання, до остаточної готовності до пуску.
